Laut dem Extbase Buch von Jochen und Sebastian soll sich das Handbuch (manual.sxw) im Verzeichnis "Documentation" befinden.
IMO - Aber nur im Verzeichnis "doc" werden diese dann auch für das TER auf typo3.org geparst und auch nur dann im Extension Manager zum Download angeboten.
Weiß jemand was genaues?