... ist ein bißchen schwer zu verstehen, was du mit Deiner Frage meinst.
Meinst du: wenn ein Tag <mdst key="xxx"></mdst> eingefügt wurde, ist die Position des Tags bei der weiteren Bearbeitung im RTE-Fenster nicht sichtbar, weil es ein Tag ohne Inhalt ist? (ich nehme mal an, für die Ausgabe ins Frontend wird er dann noch umgewandelt?)
Ich bin zwar nicht sehr optimistisch, aber kannst du vielleicht dem Tag einen style mit background-color oder border, width/height zuweisen? Diesen Style kann man dann ja bei der Speicherung in die Datenbank wieder löschen ...