Probleme Update 3.7 > 3.8 > 4.0.4

Hallo,

ich habe ein Problem mit einem Update von 3.7 auf 3.8 und weiter auf 4.0.4.

Da ich das ganze nicht bei meinem laufenden Projekt machen will, hab ich mal alle Folder und Dateien vom laufenden 3.7er-Projekt in einen eigenen Ordner kopiert. Die Datenbank hab ich ebenfalls in eine neue kopiert.
Anschließend Update auf 3.8 gemacht, was auch problemlos klappt. Alles läuft einwandfrei.

Nur beim weiteren Update auf 4.0.4 spießt es sich.
Wie empfohlen habe ich die entsprechenden Ordner/Dateien (media/, t3lib/, tslib/, typo3/, index.php and showpic.php) gelöscht (bis auf die Extensions). Anschließend vom ZIP-Package alle Dateien an ihren Ort kopiert. Alle Compare etc. Aktionen im Installer durchgeführt.
Im BE sind alle Seiten vorhanden, und werden auch im FE korrekt angezeigt.
Im Backend bekomme ich allerdings die Meldung "Please go to Tools>DB Check and update the reference index." angezeigt.
Nur: unter DB-Check fehlt die Option für den Reference-Index-Check! Hab auch versucht, den Reference-Index-Check mittels Shell auszuführen. Bekomme in der Shell nur ein paar Meldungen "permission denied".
Der Tipp, zuerst mal eine Seite anzulegen oder eine Extension zu installieren hat auch nicht geholfen.
Alle vor dem Update angelegten Seiten werden im FE zwar korrekt angezeigt, wenn ich im BE aber neue Seiten anlege, erhalte ich im FE die Fehlermeldung
"The requested page did not exist or was inaccessible. "

Was habe ich falsch gemacht???

lg,
Joe

Habe nun statt von
3.8 auf 4.0.4
ein Update von
3.8 auf 4.0
gemacht.
Die Meldung mit dem Reference Index kommt zwar weiterhin, aber neu angelegte Seiten werden im Frontend angezeigt.
Wenn ich dann von 4.0 auf 4.0.4 update, passiert das gleiche wie von 3.8 auf 4.0.4:
Meldung mit dem Reference Index, und neue Seiten werden nicht angezeigt.

Das Problem mit der fehlenden Funktion "Update Reference Index" konnte ich nun lösen.
Ich hatte meine gesamten Extensions mitimportiert, und zwar jene im Ordner typo3/ext/.
Dort befand sich auch ein Ordner namens "lowlevel", in dem sich auch die Funktion für den Reference Index befindet. Der gleiche Ordner befindet sich allerdings auch unter typo3/sysext. Meine Vermutung, es würde sich deswegen spießen, erwiesen sich als richtig: Ich habe den Ordner lowlevel unter typo3/ext gelöscht, und plötzlich war die Funktion "Update Reference Index" im BE verfügbar.
Was allerdings noch immer nicht geht: neue Seiten anlegen. Ich kann sie zwar anlegen, im FE wird mir allerdings nur eine Fehlermeldung (Seite existiert nicht) angezeigt.
Könnte es an weiteren Extensions liegen, die eventuell in den Ordner sysext gehören, und unter ext gelöscht werden sollten?
Welche Extensions gehören eigentlich in den sysext-Ordner?

lg,
Joe